De ruimtesonde New Horizons ondervond op 4 juli een anomalie in de boordcomputer waardoor het contact met de Aarde verbroken werd. Communicatie werd intussen hersteld en de sonde verkeert nog in goede conditie.
Tijdens het verlies van de communicatie herkende de autonome automatische piloot een probleem en, zoals het werd voorgeprogrammeerd voor zo'n situaties, schakelde het de hoofdcomputer uit en schakelde het over naar de backup computer. Vervolgens werd de ruimtesonde in "veilige modus" gebracht en kreeg de backup computer instructies om de communicatie met de Aarde te herstellen. De New Horizons ruimtesonde verstuurde dan telemetrie data om de wetenschappers te helpen om de oorzaak van de anomalie te vinden.
Een "New Horizons Anomaly Review Board" werd opgericht om het probleem te onderzoeken en een herstelplan op te maken om zo terug op het originele vluchtplan terug te schakelen. Gezien de communicatie van de Aarde naar de ruimtesonde zo'n 9 uur duurt (de sonde bevindt zich dan ook op 4,9 biljoen kilometer van de Aarde), wordt een volledig herstel pas mogelijk na enkele dagen. Daardoor zal New Horizons ook geen wetenschappelijke data kunnen verzamelen.